La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados.
El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.
Amano Ichigo, es quien sueña con crear dulces, junto con su compañera espiritual Vainilla, y hacer feliz a la gente que los come, tal y como su abuela lo hacia. Pero, después de que el equipo Ichigo ganara el "Cake Gran Prix", Amano regresa, después de 4 años de estudiar en París, a la escuela St. Marie y ya no estará con sus viejos compañeros y tendrá nuevas aventuras.
El estudiante de instituto Wataru Sajõ está enamorado de su bella compañera de clase Aika Natsukawa. Aika lo encuentra inaguantable, él sigue soñando con un amor recíproco y sigue acercándose a Aika. Un día, Wataru se despierta de este "ensoñamiento" y deja de intentar ser cercano a Aika... Lo cuál deja a Aika contrariada.
Cuatro hermanos, que viven solos en la misma casa, viven sus experiencias diarias en sus diferentes etapas por su edad, el profesor Hayato, el estudiante de instituto Mikoto, el estudiante de la escuela media Minato, y el preescolar Gakutoe
La historia tiene lugar en un futuro próximo en el cual la Tierra ha sido invadida por extrañas criaturas que emergen de los cinco llamados “Puntos Negros“, puertas interdimensionales conectadas a mundos paralelos. El objetivo de la invasión es eliminar otros mundos paralelos para así aumentar la posibilidad de converger en un mismo futuro. Para contraatacar y defender el planeta, cinco adolescentes serán los responsables de invocar a héroes y monstruos mediante unos dispositivos de cartas llamados Z/X.
